有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
保管和利用原则：档案整理要便于保管和利用。在整理过程中，应根据档案的载体类型、数量、重要程度等因素，选择合适的保管方式和装具，如档案盒、档案柜等，确保档案能够得到妥善保存。同时，整理后的档案应具有清晰的分类和编号体系，建立完善的检索工具和目录，方便档案管理人员快速查找和提供档案，满足利用者的需求。例如，将常用的档案放置在便于取用的位置，按照一定的分类规则排列，使利用者能够通过检索工具迅速找到所需档案。
按时间顺序整理
年度分类法：将档案按其形成的年度进行分类，能清晰展现档案形成的时间脉络，体现不同年度工作的连续性和发展变化。例如，一个企业每年都会产生财务报表、工作总结、业务合同等档案，按年度分类后，可直观了解企业在不同年份的经营状况和业务发展情况。
阶段分类法：对于一些大型项目或长期工作，可以根据其进展阶段来整理档案。比如，一个建设项目可分为规划设计、施工建设、竣工验收等阶段，将各阶段相关的文件、图纸、报告等分别整理在一起，能完整呈现项目的全过程。
按文件间的关联分类
系列文件分类：对于具有连续性、关联性的系列文件，如会议文件，可将会议通知、议程、报告、决议等按会议的先后顺序整理成一个系列，体现会议的完整过程和决策形成的脉络。
文件组合分类：将在内容上相互补充、相互印证的文件组合在一起。例如，一份政策文件与其相关的实施细则、解释说明、执行情况报告等组合分类，能更、深入地反映政策的制定和执行情况。